Insieme alla norma HACCP è previsto anche il criterio di autocontrollo. In pratica se l’azienda effettua una serie di controlli in autonomia dovrebbe essere in grado di garantire alti standard di igiene alimentare. Per fare questo è necessario redigere il “Manuale di Autocontrollo” che descrivendo l’azienda e i suoi processi definisce i punti critici e le misure da attuare. Nella documentazione sono comprese le procedure basate sui principi del sistema HACCP e le registrazioni che offrono l’evidenza dell’effettiva applicazione del sistema di autocontrollo.